粗視化力場 SIRAH を使う


力場のディレクトリにチュートリアルが添付されており、それを元に書いています。



AMBERを使った変換

はじめに、解凍した sirah_x2.2_20-08.amber を sirah.amber としてシンボリックリンク（ln -s ../sirah_x2.2_20-08.amber sirah.amber）を張るか、力場のディレクトリにコピーしておくと使える。

構造ファイルの前処理として、 PDB2PQR でPDB ファイルを処理しておくと良きに計らってくれる。

得られたPQRファイルを粗視化したPDBファイルに変換する。

./sirah.amber/tools/CGCONV/cgconv.pl -i initial.pqr -o initial_cg.pdb


AMBERのインプットを作るため、 tleapで以下の通り実行する。

----------------------------------------
# 力場を読み込む
addPath ./sirah.amber
source leaprc.sirah

# PDBファイルを読み込む
protein = loadpdb initial_cg.pdb

# 電荷を反映させる？
charge protein

# ボックスを作成して中和する
solvateBox protein WT4BOX 20
addIons protein NaW 0
addIons protein ClW 0
charge protein

# 保存する
saveAmberParm protein leap.prmtop leap.inpcrd

# 終了
quit
----------------------------------------

GROMACSで使いたい場合は acpype などで変換して使う。

acpype -p ./leap.prmtop -x ./leap.inpcrd



GROMACS での粗視化MDの実行 

GROMACS版のファイルをダウンロードしておくと、タンパク質計算のチュートリアルが含まれている。ここに、.mdpファイルが入っているのでとりあえずこれを利用すれば計算できる。

gmx grompp -f ./em_CGLIP.mdp  -c ./leap_GMX.gro -p ./leap_GMX.top -o ./em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm ./em

gmx grompp -f eq_CGLIP.mdp -c em.gro  -p leap_GMX.top -o npt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm ./npt

gmx grompp -f md_CGLIP.mdp -c npt.gro  -p leap_GMX.top -o prod.tpr
gmx mdrun -v -deffnm ./prod


VMDでの可視化

VMDのコンソールで source sirah_vmdtk.tcl を実行する。
sirah_help コマンドで下記のヘルプが表示される。
コマンドごとのヘルプは sirah_help command_name で確認できる。

-----------------------------------------------------------------
  sirah_ss        Calculate secondary structure in SIRAH proteins
  sirah_backmap   Backmap coarse-grained to atomistic systems
  sirah_restype   Set SIRAH residue types
  sirah_radii     Set SIRAH vdW radii
  sirah_macros    Set useful selection macros
  sirah_help      Access User Manual pages
-----------------------------------------------------------------


はじめに、sirah_macros を実行しておくと、VMDの選択文が便利になる。
例えば、マクロなしでタンパク質を選択するときは {resname "[nsc].*"} と書かなければならないが、マクロを読んでおけば sirah_protein で選択できるようになる。


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