二次構造予測プログラム s2D を使う


ダウンロードとインストール

http://www-mvsoftware.ch.cam.ac.uk/
ここからダウンロード。簡単なユーザー登録が必要。
サイズの大きい psiblast の database もダウンロードする。

動作環境は
Python2.7
Python3 では動かない。3.X用に書き換えてみようと思ったけれど断念した。
BLSAT+
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST からダウンロード
PSIBLAST のデータベース
s2Dのサイトからダウンロードする。s2D_parameters.txt の設定に データベースの場所を設定する

詳細は追記予定

"the psiblast." を Google翻訳にかけると「柴犬」と出力される。
たまに謎の出力がでるのは中間言語をはさんでいるからだろうか…

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